在君王船上燕倾城为保命和萧晨签订下碎魔种神的契约，在来到长生大陆后，不死门掌教对其态度不佳，但发现身为魔教祖师的魔鬼竟然和萧晨有联系后，态度转变，允许其在不死门修炼，并默许之修习了珂珂偷到的不死门镇教密典，在萧晨离开不死门之时封其为教外护法。
在离开不死门进入南荒大城天帝城途中，萧晨结识天帝城大族玄黄斗兽宫诸葛家族的子弟诸葛亮和一只凤凰，并斩杀了觊觎小倔龙的里根家族子弟凯迪洛及其随从。进入天帝城之后，诸葛亮邀其在闭月羞花殿玩乐，在其中萧晨重见燕倾城，与其发生暧mei关系，后来燕倾城亦是对他产生莫名感情，但萧晨仍是心念人间界的心上人...
在天帝城诸势力之间周旋中，萧晨结识了纨绔子弟海云天和城主三公子刘禹，但也得罪了天罗国亲王孙淼及几个大族。萧晨被迫进行战斗，北斗学院一战重伤其四大青年高手，亲王府斩杀孙淼的两个侍卫副统领，重伤其侍卫统领伍行风，一时名惊天帝城。
纨绔子弟诸葛坤和霍夫曼为抢夺小倔龙趁萧晨不在擅闯其住宅，将小龙重伤，萧晨大怒之下在温泉中狠狠教训了二人及其二酒肉朋友，结果在南荒中遭到霍夫曼所在里根家族四名前辈修者袭击，险些丧命，为了快速突破到识藏，他竟而产生一疯狂决定，与天帝城中十大青年高手进行生死车轮大战...
大战七名青年翘楚，六胜一平，萧晨重伤回到住宅，终于突破进入识藏，但这也招致了更多人的恐惧和记恨...斗兽大会召开，小倔龙在其中大展神威，灭杀龙王，珂珂更是中途杀入，灭杀白虎夺得冠军，却使更多人记恨萧晨，此时南荒深处神秘男子龙腾突然暗算萧晨，让他陷入险境。
海家被龙腾欺骗，以女相嫁，在知道真相后怀恨在心，要取萧晨性命。成婚之夜，萧晨挟持海云雪脱逃而去，却被海家暗算，甚至海云天也对其拔刀相向...珂珂为救他而死，萧晨虽舍弃寿元与黄金神戟、乌黑铁印交易获得半夜强大，仍然不敌败走，逃到净土后晕倒，被绝色少女清清救下，与牛仁重会，两人一同前往圣山（即祖神燧人氏留下的天地铜炉）。
两人不幸坠入阴曹地府，却反得际遇，牛仁被鬼妪赐予牛头之魂，萧晨则取了不少宝物，两人逃出地府后在净土修炼两年多，尔后萧晨前往中土。萧晨在有巢氏遗殿得到庄周的指点，并又获得石人一部分，在望月楼，殷风等几名商国修者侮辱南荒，燕倾城、宇文风等人大为不忿，出手却遭败绩，直到书剑茶会之上，独孤剑魔连败殷都青年强者。殷都四杰之一楚行狂向独孤剑魔挑战，独孤剑魔却认出了易容改装的萧晨，强拉其出战，萧晨被迫出手，杀楚行狂帮手五人，并将其大败。
虎家某半神前往殷都杀萧晨，反被萧晨、独孤剑魔等四人联手灭杀。大商国决定与罗马帝国联合攻打梵国，但两国青年强者却发生了矛盾，进行比斗。萧晨等人被商国三公主殷莹拉拢，出战灭杀了黄金狮子王的分身...赵琳儿竟成了罗马帝国太阳神教圣女，意欲拉拢萧晨被拒绝，颇为不快。
两国终极对决，萧晨身份被两名神秘小女孩戳破，虎家高手前来杀灭他，反被其诛杀三人，虎家几位半神仍想继续动手，商国和罗马二十名顶级青年高手却是接到了魔教教祖传令，将这三名半神灭杀。
大商国和罗马结成同盟攻打梵国，不想梵国与周国早已联合，设下埋伏在魔鬼平原大败商罗联军，紧接着第二次大战很快爆发，但两次产生的两千万余阴魂尽被神秘人士收走...萧晨亦是参与到战中，却发现一真处于梵国阵营，而一真已然遇险，被迫暂时反戈，与大商、罗马众青年高手发生矛盾...
萧晨大战众人，纵走一真，又遇黄金狮子王，危险之际，珂珂灵魂从地府重出救萧晨。尔后二十四战剑和失乐园在地狱出世，众半祖前往抢夺，遭到限制失去力量，被萧晨诛杀多人...异界之敌来袭，长生界危急。
得到武之印记传承后，遭众多半祖、次半祖门人追杀，萧晨被逼往古神荒漠，修炼三年，终于突破到半神，却发现这一切仅仅是长生界强者们布的一个局，为了引出并消灭异界强者...被萧晨所斩的强者纷纷转世重生，同轩辕、魔鬼等人一起，与异界来犯者展开大战，祖神神农氏也复活，但异界有两名祖神出现，为了阻挡其中之一，众强者用萧晨镇封断层空间，才获得了暂时的胜利...
萧晨在被镇封一年后，分身从本体中脱困，偶然回到人间界，发现从来自修真界的长生国教为非作歹，导致生民涂炭，遂出手对其稍加惩戒。他前往峨眉寻访昔日恋人若水踪迹，却看到“人生若只如初见”的字样，又得无名武者半祖精神印记传授古战技，辗转思索后斩去情丝...华山论剑，三名神秘高手出现，镇住前来捣乱的修真者，在他们保护下，萧晨灭杀数十名修真，却又发现了有关若水的线索，才觉到自己其实难以真正斩情...
黄河竟然乃死去的祖龙所化，翻身而去，精元龙珠散入东海，众人抢夺死伤无数却一无所获。萧晨沿着紫玉手镯的线索继续寻访，在东海遇上与他一起被吸入空间海眼的清清，并一同发现了酷似若水的女子，清清却被强横无匹的女子强行带走，萧晨带着清清的昊天塔向清清的师父求救。
清清的师父太昊也不是占据若水身体的青莲天女对手，萧晨只得通过紫玉手镯，前往长生界搬救兵...长生界众半祖却想借此机会对付修真界，十数名半祖率领大量修者进入人间...